De algunas clases de anfibios surgieron los reptiles. Pero aun así se desconocen los detalles de sus comienzos.
Han sido hallados los restos de los reptiles mas primitivos en la época del Carbonífero superior (el cual fue hace 315 millones de años). Eran muy pequeños con un parecido enorme a los lagartos.
Detrás de las orbitas, en la región temporal del cráneo, se considera un factor clave para la clasificación de estos reptiles. Una característica distintiva de los reptiles es la naturaleza y los orificios que posee en cráneo. A esto se la llama gena. Poseen una capsula entera sin abertura los más primitivos reptiles. Por esto se clasifican en la subclase anápsida.
Los reptiles parecidos a los mamíferos tienen una sola abertura con una barra ósea bajo ella. Lo que se asocia con los anclajes del músculo maxilar inferior. Estos reptiles forman una subclase denominada Sinápsida.
Cuando fue el periodo permico, hubo un grupo de reptiles con dos aberturas temporales a cada lado. Cada una de estas con una barra ósea por debajo. A esta subclase se la llama Diápsida. Incluyendo a la mayoría de los reptiles, tan actuales como extinguidos. Cuando estaban desapareciendo los reptiles sinápsidos. Luego de esto aparece una línea los cual son los reptiles escamosos (Lepidosauria). Los cuales contiene la mayoría de los reptiles vivientes, y abarca el orden de los Squamata y Rhynchocephalia. Los Squamata estan formados por tres subórdenes los cuales son: Ophidia, Sauria, y por último los Anfisbaenidae.
El orden de los Rhynchocephalia, están formados por dos especies de reptiles, que conservan la estructura de los diápsidos.
Los primeros lagartos se dieron en la época del Triásico. Pero hasta el Cretácico no aparecieron las serpientes. Son los que más recientemente han evolucionado, y han tenido un éxito espectacular.
Los arcosaurios más grandiosos fueron los dinosaurios. Los arcosaurios que existen en la actualidad son los Crocodylia.
El orden Chelonia (las tortugas) fueron los últimos, estaban adaptados a la época del Triásico, pero se desconoce sus orígenes.
